Im Jahr 1542 erreichten Missionare des Jesuiten Ordens unter der Führung von Francis Xavier die portugiesische Kolonie Goa um dort den christlichen Glauben zu verbreiten. Francis reiste später weiter um auch in den anderen portugiesischen Kolonien in Südostasien das Christentum zu predigen. Als er am 3 Dezember 1552 auf der chinesischen Insel Sancian verstarb, bestattete ihn sein chinesischer Freund Antonio de Santa Fe in einem hölzernen Sarg. Zuvor wurden der Leiche zwei Schichten Ätzkalk hinzugefügt um den Verfallsprozess und damit die Überführung der Gebeine  zu beschleunigen. 2 1/2 Monate später brachte dann das Schiff Santa Cruz den Sarg nach Malakka, wo schon viele Christen, aber auch Andersgläubige auf den Leichnam warteten. Hier wurde Francis begraben, diesmal aber ohne Sarg, doch mit dem Gesicht bedeckt wie es in Malakka der Brauch war.

Im Dezember 1553 wurde der Leichnam wieder ausgegraben und in einen Sarg gelegt, den Bruder Manoel de Tavora dann via Cochin und Batcal nach Goa überführte. Am 15. März 1554 wurde der Körper, entsprechend der Gepflogenheiten dieser Zeit, ehrfürchtig in Goa vom Erzbischof, vom Vize-König, vom Klerus, vom Adel und von den Leuten empfangen. Das Begräbnis fand darauf im Kolleg des Hl. Paulus statt. So groß war der Ansturm der Leute, welche den Leichnam sehen wollten, daß es erst nach drei Tagen möglich war den Leichnam in einem Sarkophag in der Kirche des Kollegs des Hl. Paulus unterzubringen.

Später als die Bom Jesus Kirche errichtet wurde, hat man ihr einen Wohnkomplex angebaut, das sogenannte Casa Professa de Bom Jesus. Francis Leichnam wurde im dritten Stock des Casa Professa untergebracht. Im Jahre 1622 sprach die katholische Kirche Francis Xavier heilig, doch die Nachricht erreichte Goa erst 1623 und erst ein weiteres Jahr später wurde die Heiligsprechung  schließlich mit großen Pomp gefeiert. Zu jener Zeit wurde der Leichnam in einer Prozession zur Kapelle vom Hl. Francis von Borgia in der Bom Jesus Kirche gebracht. Die Beschreibungen dieser Festlichkeiten zeigen dabei, daß der Leichnam in einem sehr einfachen Silberschrein gelegt wurde, welcher keinerlei ästhetische Verziehrungen aufwies. Am 2. Dezember 1637 wurde der Leichnam des Heiligen dann in dem Silberschrein gebettet in dem er auch heute noch ruht. Dieser Schrein wurde von Silberschmieden Goas zwischen 1636 und 1637 hergestellt.

Dieser Silberschrein ist einer der besten Beispiele der Adaption und Ausbreitung italienischer Kunst in Indien und eines der wenigen Beispiele in der italienische und indische Kunst meisterhaft mit einander vermischt wurden. Er zeigt eine Kombination der klassischen Motive, wie z.B. die korinthischen Säulen und Bögen mit den typischen, filigranen, indischen Verziehrungen. Die pyramidenartige Form des oberen Teils des Schreins erinnert dabei an indische Elfenbeinschatullen oder indische Tempel.

Man zählt insgesamt 32 silberne Plaketten auf den vier Seiten des Schreins, welche verschiedene Episoden aus dem Leben des Heiligen wiedergeben. Dabei werden die folgenden Szenen dargestellt:

· Francis auf dem Boden mit Armen und Beinen gefesselt, aber die Riemen zerreißen durch ein Wunder. 
· Francis küßt das Geschwür eines Patienten in einem venezianischen Krankenhaus. 
· Der kranke Francis wird vom Hl. Jerome am Krankenbett im Hospital von Vicenza besucht.
· Die Weißsagung seines zukünftigen Apostolates.
· Die Weißsagung seiner Schwester über sein Schicksal.
· Francis rettet den Sekretär des portugiesischen Botschafters während der Überquerung der Alpen.
· Francis stützt einen Kranken, welcher nach dem Erhalt der hl. Kommunion fieberfrei und friedlich entschläft. 
· Francis bei der Taufe in Travancore.
· Francis haucht neues Leben in den Körper eines Jungen, welcher in einem Brunnen bei Cape Comorin ertrank.
· Francis heilt einen Mann durch ein Wunder.
· Francis vertreibt die Badagas in Travancore.
· Die Wiederbelebung dreier Personen durch Francis: Ein Mann, welcher in Coulao beerdigt war, ein Junge welcher in Multao beerdigt werden sollte und ein Kind. 
· Francis nimmt Geld aus seinen leeren Taschen und gibt es einem Portugiesen in Malyapore.
· Eine Wunderheilung.
· Eine Krabbe rettet sein Kruzifix, welches ins Meer gefallen war.
· Francis predigt auf der Insel Moro.
· Francis predigt in Malakka und verkündet den Sieg gegen die Feinde.
· Francis bekehrt einen portugiesischen Soldaten.
· Francis hilft den sterbenden Vikar von Malakka.
· Francis kniet nieder mit einem Kind auf den Schuldern, welches er heilt.
· Francis geht zu Fuß von Amanguchi nach Meaco.
· Francis heilt einen Stummen und Gelähmten in Amanguchi.
· Francis heilt einen Tauben Japaner.
· Francis betet auf einem Schiff während eines Sturms.
· Francis tauft drei Könige in Cochin.
· Francis heilt einen Gläubigen Im Kolleg des Hl. Paulus.
· Während einer Trinkwasserknappheit auf einer Schiffsreise verwandelt Francis Salzwasser zu Süßwasser.
· Das Leiden des Francis auf Sancian.
· Nach seinem Tod erscheint er einer Frau, so wie er es ihr versprochen hatte.
· Der Leichnam Francis, begleitet in priesterlichen Gewändern, wird zur öffentlichen Anbetung ausgestellt. 
· Francis schwebt während er die hl. Kommunion im Kolleg des Hl. Paulus verteilt.
· Francis Leichnam in wird in Chaul in eine Nische gelegt und mit Kerzen beleuchtete.

Auf der Oberseite des Schreins befindet sich ein Kreuz mit zwei Engeln von denen der Eine ein brennendes Herz hält und der Andere eine Schrifttafel mit den Worten Satis est Domine, Satis est (Es ist genug Herr, es ist genug).

Im Jahre 1659, kurz nach der Festprozession während der die Silberplaketten abgenommen worden waren - was so üblich war damit die Gläubigen den Leichnam des Heiligen sehen konnten - wurde der silberne Schrein in die Kapelle gegenüber der Kapelle vom Hl. Francis von Borgio, welche sich ebenfalls in der Bom Jesus Kirche befindet, gebracht. Diese Kapelle, wo sich einst der Tabernakel befand, war zur letzten Ruhestätte des Heiligen bestimmt. Ihre Wölbung und Wände waren mit schönen Gemälden verziert, welche Episoden aus dem Leben des Heiligen darstellten. 

Aber nach der späteren Hinzufügung eines üppigen italienischen Mausoleums, schaute die Kapelle trotz ihrer reich verzierten Wölbung sehr ärmlich und schmal aus. Dieses Mausoleum war das Geschenk des Großherzogs der Toskana Cosimo III. Die Umstände, die den Herzog dazu brachten dieses Mausoleum anzubieten, sind sehr interessant. Pater Francisco Sarmento, der General Prokurator der Jesuiten in der Provinz Goa, war nach Europa gegangen und auf seinen Weg nach Rom besuchte er den Großherzog Cosimo III, dem er ein kleines Kissen zum Geschenk anbot, auf dem der Kopf von Str. Francis für viele Jahre nach seinem Tod geruht hatte. Der Herzog war von Freude und Dankbarkeit über ein solches Geschenk überwältigt. Er ordnete an, dass ein ausgezeichnetes Mausoleum aus besten italienischen Marmor angefertigt werden sollte und nach Goa gebracht wird,  für ein majestätische Grab, welches für solch einem Heiligem angemessen war.

Das florentinische Mausoleum kam am 13. September 1698 in Goa an. Ein Künstler, Placido Francesco Ramponi mit Namen, wurde vom Großherzog geschickt um das Mausoleum in Alt Goa zu errichten. Am 8. November 1698 hatte Ramponi die Arbeit am Mausoleum, auf das der Silberschrein der den Sarg enthielt gesetzt wurde, beendet. 

Das Grabmal des Hl. Francis Xavier besteht aus drei Teilen, die Altäre, das florentinische Mausoleum gestiftet von Cosimo III und den Silberschrein, welcher von goanesischen Silberschmieden zwischen 1636 und 1637 gefertigt wurde. Es gibt vier Altäre, einer auf jeder Seite des Grabmals. Sie bestehen aus rötlichen Jaspis mit weißen Streifen, verziert mit Ornamenten, Fransen und Schnörkeln. Es gibt zwei Cherubinen aus puren Carrara Alabaster in jeder Ecke. In der Mitte der Stirnseite jedes Altars gibt es ein Emblem aus kräftigen Relief. Über dem Altar sieht man ein regelmäßiges Viereck aus marmorierten Jaspis. Auf allen seinen vier Seiten befinden sich vier Bronzetafeln, die Szenen vom Leben des Heiligen bildlich darstellen.

In der ersten Szene sieht man Francis zu 22 Bewohner der Molukken predigen. Über der Tafel befindet sich ein Bronzemedaillon mit aufgehender Sonne darauf, welches von zwei Alabasterengel zusammen mit einem Bronzeband mit der Aufschrift ' Nox inimica fugat ' gehalten wird. 

Die zweite Szene zeigt den barfüßigen Francis wie er die Bewohner der Molukken mit seiner rechten Hand tauft und das Kruzifix in seiner Linken hält. Das Medaillon zeigt die Sonne im Zenit und die Engel die es halten mit dem Band der Aufschrift 'Ut vitam habeant' .

In der dritten Szene greift die kämpfende Gebirgs- bevölkerung der Moroinsel Francis mit Pfeilen und Steinen an; Francis versucht, zu flüchten, indem er den Fluß mit Hilfe einer Planke überquert. Das Medaillon zeigt einen Löwen in einem heftigen Sturm und das Band hat die Aufschrift 'Nihil horum vereor'.

Die vierte Szene zeigt Francis sterbend in einer Hütte auf der Insel Sancian; seine Schüler Antonio und Cristovao und ein Engel stützen ihn. Das Medaillon zeigt die untergehende Sonne und das Band hat die Aufschrift 'Major im occasu'.

Über dem Viereck befindet sich eine Balustrade aus roten Jaspis mit weißer Marmorierung. Die silberne Schatulle, die ein beeindruckendes Zeugnis des künstlerischen Talents der Goanesen abgibt, liegt auf dieser Balustrade.

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